一、十开戒场，延续僧宝
1986年11月，云门山大觉禅寺举行传戒法会，有八百多人分别受出家和在家二众的戒律。韶关云门寺住持佛源法师、广州光孝寺住持本焕法师、香港大屿山宝莲寺住持圣一法师担任传戒三师。佛源法师继承虚云老和尚的遗志以传戒度僧、培养僧才作为各项任务的重中之重。1957年佛源法师拟在云门传戒受阻，时隔近三十年后，愿望才得以实现。为绍隆佛种，佛源法师对传戒十分重视。
自1986年在云门首次开坛传戒以后，他又于1991、1996、1999、2001、2005、2008年在云门寺开坛传戒。在住持南华寺期间，佛源法师先后于1994年和1998年在南华寺开坛传戒；住持南岳祝圣寺期间，佛源法师于1993年在祝圣寺开坛传戒。传戒度僧一直是贯穿佛缘法师领众期间的一条主线，佛源法师经常教育出家弟子要以戒为师，要一辈子做和尚，对还俗回家的僧人，在言谈中表现出痛惜不已之情。对开坛传戒特别重视这一点，佛源法师与虚云老和尚一脉相承。
二、法播寰宇，戒传北美
1989年8月，应美国万佛城宣化老和尚礼请，中国佛教赴美弘法团十多位大德高僧赴美国万佛城如来寺首次传授三坛大戒。佛源法师作为弘法团中大德高僧的一位，在传戒期间应邀上堂说法。这次三坛大戒是中国大陆大德高僧们首次集体在北美传戒，对北美建立完善的僧伽制度具有划时代的意义。传戒结束后,佛源法师随着中国佛教赴美弘法团顺便参访了旧金山和洛杉矶共十四座寺院，包括旧金山的万佛城如来寺、大觉莲社、诺那寺、显密圆通寺、观音寺等和洛杉矶的西来寺、观音寺、金轮寺、圣能寺、圆觉寺、海印庙、白圣法师纪念堂等。其中既有南传北传的寺庙，也有显教密宗的道场，显示了佛教徒不分大乘小乘，各宗各派既独立修行，又团结和谐。
三、云门中兴，慈悲峰下
1990年9月27日,中国佛教禅宗五宗之一的云门宗发源地——厂东乳源县云门寺隆重举行重修落成剪彩暨佛菩萨圣象开光庆典，诸山长老、海内外佛教徒共三千多人参加这一庄严隆重的典礼。在法乐声中，佛源法师、净慧法师及乳源县县长为重修落成的云门山大觉禅寺剪彩。随后，佛源法师、净慧法师及香港福慧寺住持万心法师、江西云居山真如禅寺住持一诚法师、湖南省宝县法师、广东汕头圆彻法师等，分别为各殿堂新塑的佛菩萨圣像开光。历经八年的时间，云门祖庭在佛源法师的艰苦努力下,再度中兴。
四、安僧办道，广复祖庭
云门寺的建设初告完成，为更多僧人安心办道，佛源法师不辞辛劳，继续接手重建多个祖庭。他先后牵头重建或修复了湖南益阳白鹿寺、南岳祝圣寺、益阳广法寺、益阳福源寺、常德德山乾明寺、石门夹山寺。他从各个角度支持明慧法师修建梅州千佛塔寺，带动了广东梅州地区佛教的发展和繁荣。为纪念虚云老和尚，他支持惟升法师在云南鸡足山重建了虚云寺。
1990年南华寺方丈惟因和尚圆寂，两序大众议决礼请佛源法师继南华寺方丈席。1992年,佛源法师于南华寺升座，经过七年的披肝沥血，南华寺各方面的工作均严格按照丛林规矩平稳进行。1999年，佛源法师为寺院的百年大计，退南华寺方丈席。和虚云老和尚一样，佛源法师在云门寺和南华寺两座重要的祖庭同时领众，为中国佛教及禅宗支撑起了重要的一角。
五、培英才僧，建佛学院
1990年，寺院基建接近尾声，佛源法师将着力点转移到僧才的培养上来，在云门寺开办僧伽培训班，以此为基础，1992年佛源法师向中国佛协呈报，成立云门佛学院，赵朴初会长非常欢喜，亲自撰写院名，经过省、市、县三级政府有关部门批准，云门佛学院正式挂牌成立，于当年9月1日举行开学典礼。自此，佛源法师以佛学院建设和学僧培养为重中之重，这是延续佛教慧命的千年大计所在。2002年9月1日，云门佛学院成立十周年纪念日，佛源法师主持庆典同时举办了“大乘佛教与当代社会”学术研讨会，这是佛源法师注重培养僧才素质的总结会。以云门佛学院为基地，佛源法师坚持“籍教悟宗”和“农禅并重”,把学、修、行紧紧结合起来，培养了一大批德才兼备的高素质僧才，基本成为了佛教不同领域的生力军。
六、曹溪共话，世界一花
1993年，世界著名禅师韩国崇山行愿法师，率领各国130多人专程到曹溪礼拜祖庭,佛源禅师热情接待。受崇山禅师的邀请，1995年5月,佛源法师作为团长带领广东省佛教代表团，去韩国进行了友好访问和交流，在汉城华溪寺传授菩萨戒，并礼拜韩国各大名寺。参访寺院包括釜山金井梵鱼寺、庆南梁山灵鹫禅林通度寺、庆南吐含山石窟庵、大邱伽耶丛林海印寺、西山表忠阁表忠碑。崇山禅师以“世界一花”为主题，在全世界范围内推广禅修。
1996年，佛源法师于南华寺主持“禅宗世界一花(五叶)第四届法会”,这次是“世界一花”禅修首次在中国举行。佛源法师虽然扎根和立足于传统丛林建设，作为一代宗师，佛源法师的视野不仅仅局限于此，对于全球范围内佛教发展的大趋势也一直关注，经常展开各种交流互动。他先后两次参加过中日韩三国佛教交流会议，两次请法国一行禅师来云门寺讲学指导。
七、宗风高扬，农禅并用
佛源法师以继承虚云老和尚重续宗风、高树禅宗旗帜的理念为己任。重建云门寺乍始，佛源法师把禅堂作为重中之重，完全按照传统禅宗从林的制度标准来建设。在佛源法师的努力下，云门寺禅堂坚持每日坐香，冬季举行精进禅七（五七）。佛源法师一直坚持农禅并重的传统理念，使禅宗的修行在日常生活和劳作重体现出大机大用。1996年春,作为南华寺方丈的佛源法师发起修《新编曹溪通志》，经过两年的时间完成。1998年,赵朴初会长于北京医院为之写序。作为云门宗接法人，佛源法师一直思考完成云门宗史，将云门宗的源流和脉络，由头有序的梳理清楚。2000年，佛源法师嘱冯学成居士编撰云门宗宗史。2001年正月，佛源法师为《云门宗史话》作序。
八、传位退居，培养后学
2003年，时值虚云老和尚重建云门寺60周年，佛源法师升座云门寺50周年，文偃祖师开办云门道场1080周年，佛源法师对云门寺的建设理念已经基本实现。为了提携后人，为了云门寺的事业能够顺利接班，2003年4月2日（癸末年三月初一），佛源法师于云门寺退院，举行明向法师升座典礼，诸方来贺，盛况空前。
这段时期，中国佛教界进入新的发展阶段，宗教政策恢复后，一批批法师纷纷走上了弘法第一线，成为许多重要寺院的方丈。佛源法师怀着对后学的殷重希望和鼓励，亲自为他们送座。1999年在广东曹溪南华寺为传正法师送座；2000在湖南南岳祝圣寺为惟正法师送座；2002年在云南鸡足山虚云禅寺为惟升法师送座；2003年在广东云门寺为明向法师送座；2003年在湖南平江东山古寺为本智法师送座；2004年在湖南益阳白鹿寺为明良法师送座；2005年在武昌宝通禅寺为隆醒法师送座；2005年在湖南德山乾明寺为明禅法师送座；2005年在江西云居山真如寺贺纯闻法师升座；2006年在云南大理弥陀寺为圣光法师送座。
九、告假示寂，禅堂付嘱
2008年,佛源法师示现病缘，到广东省人民医院住院，住院期间和回到云门寺后，教内外人士纷纷前往探访。是年，佛源法师还拖着病体三次回到湖南益阳考察由他重建、当时尚未完工的两座寺院广法寺和福缘寺，叮嘱大家认真完成工程建设。2008年11月,佛源法师最后一次益阳考察时，特意回桃江县老家看望,作为最后的道别。
云门寺戊子年禅七于2008年12月14日（戊子年十一月十七日）至2009年1月18日（戊子年十二月二十三日）如期举行。2009年1月某日，佛源老和尚来到禅堂给正在打禅七的诸师顶礼告假，嘱咐大家参禅不忘念佛，并自谦“对不起大家，没有照顾好大家”，让大家感慨不已。历经了世间的起落和病痛的折磨，佛源禅师始终挂着大众的用功办道。
2009年2月23日（己丑年正月二十九日）晚8时36分，佛源法师于云门寺方丈室安详示寂，世寿87，僧腊68，戒腊63。